切割穿孔技能任何一種熱切割技能，除少數狀況能夠從板邊緣開端外，一般都必須在板上穿一個小孔。之前在激光沖壓復合機上是用沖頭先沖出一個孔，然后再用激光從小孔處開端進行切割。關于沒有沖壓裝置的激光切割機有兩種穿孔的根本方法。

爆炸穿孔--資料經接連激光的照射后在中心構成一個凹坑，然后由與激光束同軸的氧流很快將熔融資料去除構成一個孔。一般孔的大小與板厚有關，爆炸穿孔均勻直徑為板厚的一半，因此對較厚的板爆炸穿孔孔徑較大，且不圓，不宜在加工精度要求較高的零件上使用，只能用于廢料上。此外因為穿孔所用的氧氣壓力與切割時相同，飛濺較大。

脈沖穿孔--采用高峰值功率的脈沖激光使少數資料熔化或汽化，常用空氣或氮氣作為輔佐氣體，以減少因放熱氧化使孔擴展，氣體壓力較切割時的氧氣壓力小。每個脈沖激光只發生小的微粒噴發，逐步深入，因此厚板穿孔時刻需要幾秒鐘。一旦穿孔完成，立即將輔佐氣體換成氧氣進行切割。

這樣穿孔直徑較小，其穿孔質量優于爆炸穿孔。為此所使用的激光器不但應具有較高的輸出功率；更重要的是光束的時刻和空間特性，因此一般橫流CO2激光器不能適應激光切割的要求。此外脈沖穿孔還須要有較可靠的氣路控制系統，以完成氣體品種、氣體壓力的切換及穿孔時刻的控制。